En Marcilla, el tema de los vertidos no controlados que llegan al río Aragón por los cortados del monte, procedentes en gran medida de la macrogranja de Caparroso y de la planta de biometanización de residuos, continúa en boca de todos. Y ya no es un tema local sino que recientemente 12 asociaciones presentaron una queja ante el Defensor del Pueblo "por dejación de funciones del Gobierno de Navarra a la hora de actuar sobre aquellas actividades agrarias y ganaderas que están contaminando el acuífero de Marcilla y que están poniendo en peligro la salud pública de la población así como el cuidado de un bien común como es el agua".De acuerdo con ALNUS, Compañía de las 3 Erres, Ecologistas en Acción, Ekologistak Martxan, Etxalde, Fundación Sustrai Erakuntza, Greenpeace, Hacendera, Lurra, Marcilla Viva, Urbizi y REAS, entidades que han movido ficha, el Ayuntamiento de Marcilla notificó al servicio de Economía Circular y Cambio Climático la contaminación por altos índices de nitratos del barranco de Valtraviesa ya que la mayoría de estas aguas acaban llegando al nivel freático afectando a la masa de agua subterránea de la margen derecha del río Aragón; este acuífero suministra agua tanto de boca como a la industria agroalimentaria de la zona. "Con una rapidez inusitada respondieron con un informe de valoración sin firmar, en el que reconociendo la contaminación por nitratos en el término de Marcilla y la falta de control, se limita a señalar la complejidad del problema y la intención de evaluarlo. Junto a ello, recomienda al Ayuntamiento de Marcilla, dada la incertidumbre de que los niveles de nitratos se reduzcan en breve plazo, se haga uso del agua del embalse de Itoiz".

Las entidades que han puesto la queja, y a la que acompañaron de documentación como los niveles de contaminación por nitratos en las aguas del barranco, la respuesta del Ejecutivo al Consistorio, y la carga ganadera existente en la zona afectada por la contaminación por nitratos, consideran que "la respuesta del Gobierno de Navarra pidiendo a Marcilla que se abastezca de agua de Itoiz adolece de falta de responsabilidad, eficacia y contundencia para identificar y eliminar las actividades contaminantes que representan un peligro para la salud pública y ambiental. Creemos que es necesario aumentar los controles públicos a las actividades de estas granjas y frenar su desmedida expansión.

En el año 2014 ya llevaron a cabo las primeras denuncias pero Marcilla Viva, un grupo que ha nacido de la mano de vecinos y que busca que las autoridades muevan ficha ante dicha problemática, ha seguido detectando la contaminación del agua y, por lo tanto, su afección a la economía local, a la salud y al medio ambiente. "Están convirtiendo la zona en un auténtico vertedero de residuos industriales. El Gobierno de Navarra dice que va a tomar medidas y que va a hacer estudios sobre el freático pero nuestros suelos y nuestras aguas están con unos niveles de contaminación que exigen implantar medidas correctoras ya".