Desde hace cinco años, el colegio San Cernin ofrece el Bachillerato Internacional Bilingüe orientado a Ciencias de la Salud, Ingenierías y Tecnología. Cuatro promociones (la quinta terminará en junio) y medio centenar de estudiantes han cursado ya el doble programa de bachillerato (Programa del Diploma del Bachillerato Internacional y Bachillerato español) en este colegio pamplonés. El Bachillerato Internacional, muy valorado por las universidades, "ofrece al estudiante una mentalidad global, le ayuda a desarrollarse ética, emocional e intelectualmente y forma alumnos y alumnas independientes, reflexivos, solidarios, con capacidad de pensamiento crítico y mentalidad abierta". Este programa se imparte también en el IES Navarro Villoslada y en el colegio Irabia-Izaga.

Se trata de un programa, según explican desde el colegio, dirigido a un alumnado que "quiera ir más allá en su desarrollo personal y académico y busque adquirir un mayor número de herramientas y habilidades aplicables en su vida universitaria y laboral". El programa del Diploma del Bachillerato internacional ofrece una formación integral adaptada a un mundo global; alienta a los estudiantes a desarrollar una mentalidad internacional. Desarrollan habilidades para la resolución de problemas, aprenden a aplicar métodos científicos, elaboran investigaciones, todo ello a través del análisis de diferentes fuentes de conocimiento, desarrollando un pensamiento crítico constructivo con un fuerte espíritu solidario y de compromiso con la sociedad.

Se estructura en tres componentes troncales (monografía, teoría del conocimiento y CAS -creatividad, acción y servicio) que son los elementos que diferencian al Bachillerato Internacional de otros bachilleratos. La monografía es un trabajo de investigación independiente y dirigido por el propio alumno/a que termina con un ensayo de 4000 palabras. En Teoría del conocimiento, los estudiantes reflexionan sobre la naturaleza del conocimiento y la manera en que conocemos lo que afirmamos saber. Creatividad, acción y servicio (CAS) les exige realizar un proyecto relacionado con uno de estos tres conceptos. Estos elementos se combinan con 6 asignaturas, tres de nivel superior y tres de nivel medio, algunas de las cuales se cursan en inglés (idioma oficial del Bachillerato Internacional). Las asignaturas están interrelacionadas lo que fomenta la amplitud y profundidad del aprendizaje.

Requisito: nivel B2 en inglés y francés

Al terminar los dos años académicos del Bachillerato Internacional, el estudiante obtendrá el Diploma del Bachillerato Internacional (reconocido en universidades de 144 países), el Diploma Bilingüe del Bachillerato internacional (que acredita que el alumno/a está capacitado para desarrollar unas asignatura de contenido académico en inglés), la acreditación de la UNED a partir de las calificaciones obtenidas en las asignaturas de este programa que permite acceso a cualquier universidad española y el título de Bachillerato Español.

El equipo docente (incluyendo coordinadora y directora) está certificado por la Organización del Bachillerato Internacional. Desarrollan enfoques de enseñanza acordes a la filosofía de esta modalidad y trabajan el desarrollo de habilidades y competencias establecidas por la organización. El objetivo es educarles según el perfil de la comunidad de aprendizaje del Bachillerato Internacional: indagadores, pensadores, informados, instruidos, buenos comunicadores, íntegros, solidarios, de mentalidad abierta, audaces, equilibrados, reflexivos y depositarios de un enfoque universitario internacional. El desarrollo de las asignaturas de inglés y francés y la asignatura de Sistemas Ambientales y Sociedades, impartida en inglés, requiere que el nivel de conocimiento de los alumnos/as antes de comenzar el programa sea un B2 en ambos idiomas.