El Hospital Universitario de Navarra es un centro acreditado para la formación sanitaria especializada por el Ministerio de Sanidad para la formación de especialistas en 37 especialidades. Acoge a un total de 304 residentes situados en los diferentes años de formación, desde R1 hasta R5, distribuidos por diferentes ramas sanitarias con formación especializada: Medicina, Enfermería, Farmacia, Biología y Radiofísica. En concreto, hay 261 MIR (Medicina), 19 EIR (Enfermería), 16 FIR (Farmacia), 5 BIR (Biología) y 3 RIR (Radiofísica). Además, hay residentes de otros centros y ámbitos que tienen rotaciones en el centro dentro de su propio programa formativo, como puede ser el caso de los residentes de Atención Primaria. El gerente Alfredo Martínez destacó la colaboración con Medicina de la UPNA, “que apuesta mucho por la práctica y en la que los profesionales del Hospital serán clave para sostener las líneas teóricas de los cursos. Nuestros profesores darán cada vez más clases y se compaginará la docencia con la investigación”.