José Antonio Ardanza se esforzó por tener una estrecha colaboración con dos de los presidentes del Gobierno de Navarra con los que coincidió en su etapa al frente de Ajuria Enea (1985-1999).
El ahora fallecido tuvo una fluida relación con Juan Cruz Alli, tanto cuando el navarro lideró el Gobierno foral (1991-1995) como cuando ejerció de vicepresidente del Ejecutivo (1995-1996).
No en vano, Ardanza y Alli –este por entonces en las filas de UPN– se encargaron de sentar las bases de la que fue el nacimiento de la Eurorregión que Navarra y la CAV formaron con Aquitania, cuyo presidente era Jacques Valade. Los principales responsables de estos tres territorios acordaron la puesta en marcha de este órgano de colaboración en 1992, que terminó viendo la luz el 16 de enero de 1993, tras la firma de la que se conoció como la Declaración de Ainhoa.
A partir de 1995, ya con Alli como presidente de CDN tras su bronca salida de UPN, la relación entre ambos dirigentes se mantuvo, si bien fue Javier Otano (PSN), elegido presidente de Navarra en julio de ese 1995, quien tomó el testigo.
En la primavera de 1996, Ardanza y Otano firmaron la puesta en marcha del denominado órgano común de colaboración permanente entre las dos comunidades. Un órgano que se quedó en una declaración de intenciones. Justo después de cerrarse el acuerdo, se destapó que Otano tenía una cuenta bancaria en Suiza junto a su esposa, que podría estar relacionada con la llamada trama navarra del caso Roldán, que llevó a prisión al expresidente socialista Gabriel Urralburu y al exconsejero de Obras Públicas, Antonio Aragón, y su Gobierno saltó por los aires.
Con la llegada de Miguel Sanz (UPN) al Palacio foral, tanto el órgano común permanente como la Eurorregión quedaron en papel mojado. Y ya no hubo una reunión oficial entre los presidentes de Navarra y la CAV hasta 2009 con Patxi López de lehendakari.
